2000. aastal asutasid Eesti Muusikaõpetajate Liit ja Eesti Muusika-ja Teatriakadeemia koolimuusika osakond Eesti Rahvuskultuuri Fondi juurde Heino Kaljuste fondi, mille eesmärgiks on jäädvustada professor Heino Kaljuste (1925−1989) mälestust kooli- ja koorimuusika edendajana, teavitada üldsust koolimuusika erialast, muusikaõpetuse ülesannetest ja eesmärkidest ning probleemidest üldhariduse tasandil.
Igal aastal 18. novembril – Heino Kaljuste sünniaastapäeval – antakse välja Heino Kaljuste fondi stipendium kas edukale ja õpetajatööks valmistumisele pühendunud muusikapedagoogika eriala üliõpilasele või silmapaistvale muusikaõpetajale, kes rakendab oma töös relatiivset noodiõpetusmeetodit.

Heino Kaljuste fondi selleaastane stipendiaat on Mall Ney – Tallinna Muusikakeskkooli ja Rahvusooper Estonia poistekoori solfedžoõpetaja ning Muusika- ja Teatriakadeemia õppejõud, kelle pedagoogilises tegevuses on oluline roll relatiivsel noodilugemismeetodi õpetamisel ning propageerimisel.

Heino Kaljuste fondi varasemate stipendiaatide nimekiri

Annetusi Heino Kaljuste mälestuseks on võimalik teha alljärgnevalt:
Annetuse saaja: Sihtasutus Eesti Rahvuskultuuri Fond
Arvelduskonto: EE117700771000664610 LHV Pank
Arvelduskonto: EE672200221001101347 Swedbank
Selgitusse märkida: Annetus Heino Kaljuste fondi